我国自1981年在上海发现本病，以后北京、河北、天津、福建、吉林、山东、湖北、广东等十几个省（市）均有报导。1983年天津发生CoxA16引起的手足口病暴发流行，5～10月间发生了7000余病例；经过2年散发流行后，1986年又出现了以托儿所及幼儿园为主的暴发。1995年武汉病毒研究所从手足口病人中分离出EV71病毒，1998年深圳市卫生防疫站从患者分离出2株EV71病毒。2000年5～8月山东省招远市小儿手足口病暴发，市人民医院接诊患儿1698例，其中男1025例，女673例，年龄最小5个月，最大14岁；3例合并暴发心肌炎死亡。
　　2006年，全国共报告手足口病13637例（男性8460例，占62.04%；女性5177例，占37.96%），死亡6例（男性4例，女性2例）。除西藏自治区外，全国31个省、自治区、直辖市均有病例报告。报告发病数居前十位的省份依次为山东（3030例）、上海（2883例）、北京（2210例）、河北（1133例）、浙江（793例）、广东（670例）、黑龙江（576例）、四川（335例）、江苏（287例）和福建（240例）。
　　截止2007年5月21日，2007年全国共报告手足口病5459例，死亡2例。与去年同期(2488例)相比，报告病例数上升119.41%。
　　从近年报告的疫情资料来看，手足口病每年的发病时间高峰位于7月份左右。由于2007年全国气温上升较早，专家预测，可能导致手足口病发病高峰提前，2007年全国手足口病报告病例数将进一步增加。2008年4月于安徽省阜阳市爆发。四日零时到五日零时，阜阳市新增报告手足口病病例三百九十八例，其中住院两百五十三例，比上日减少五十五例。当日出院一百六十八例，无死亡病例。目前仍住院治疗的一千三百一十四例，其中危、重症病例比上日减少十一例。
　　据悉，至今安徽省已经治愈两千六百四十二例，其中治愈重症、病危患者九十四例。
　　进入2008年后，手足口病呈蔓延趋势。
　　截至2008年5月7日，广东全省共报告手足口病病例4876例，死亡3例。近三日均无新发生的死亡病例报告。广东省对临床诊断怀疑为EV 71手足口病的191例病例标本进行了实验室检测，结果EV71核酸阳性只有33例，当中包含此前报告的佛山高明2例死亡病例，其他绝大多数患者病情平稳。
　　从2008年1月1日至5月6日，天津市累计报告手足口病病例134例(发病率为1.28/10万)，其中本市病例128例，外地病例6例，没有重症入院和死亡病例。
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